L’exiguïté des îles du Pacifique et leur végétation relativement peu diversifiée concourent à la fragilité des écosystèmes. Leur équilibre est notamment menacé par les activités humaines. Parmi les principaux problèmes de dégradation de l’environnement, on note la gestion des déchets, la déforestation dans les hautes terres et les mangroves, l’érosion des sols, la pollution des eaux, l’expansion démographique et l’urbanisation, les atteintes aux récifs coralliens et lagons, l’exploitation abusive des ressources naturelles... On voit ainsi, en milieux ruraux, des coupes à blanc de précieuses forêts, des saccages de l'environnement par des mines à ciel ouvert, le pillage des mers par de grands chalutiers spécialisés qui rejettent, mortes, les prises qui ne les intéressent pas, etc. Sur le plan climatique, l’alternance de El Niño et La Niña risque d’anéantir certaines terres en plus d’engendrer des situations graves telles que les sécheresses (au sud-ouest) et les cyclones et précipitations (en Polynésie).